จุลินทรีย์ในลำไส้ชนิดใดมีแนวโน้มที่จะมีส่วนทำให้เกิดโรคเกี่ยวกับการอักเสบและโรคทางระบบประสาทบางชนิดมากที่สุดโปรตีนที่พบในเลือดที่ตรวจหาจุลินทรีย์ในลำไส้ที่ข้ามกำแพงลำไส้และกระตุ้นเซลล์ภูมิคุ้มกันทั่วร่างกาย ซึ่งเป็นพัฒนาการที่อาจนำไปสู่การรักษาใหม่ๆ ที่กำหนดเป้าหมาย จุลินทรีย์ในลำไส้อักเสบ จุลินทรีย์ที่ข้ามกำแพงลำไส้มักทำให้เกิดการอักเสบ
การกระตุ้นระบบภูมิคุ้มกันซึ่งเป็นลักษณะสำคัญของโรคอักเสบหลายชนิด ด้วยการทำความเข้าใจว่าจุลินทรีย์ชนิดใดที่ข้ามลำไส้และทำให้เกิดการอักเสบในโรค เราก็สามารถคิดค้นวิธีการกำจัดจุลินทรีย์เหล่านั้นเพื่อหยุดโรคได้ แม้ว่าไมโครไบโอมในลำไส้จะมีบทบาทสำคัญในโรคที่เกิดจากการกระตุ้นภูมิคุ้มกันมากเกินไป โรคเหล่านี้จำนวนมากเกี่ยวข้องกับอวัยวะที่อยู่นอกเหนือลำไส้ ในปัจจุบัน มีเครื่องมือที่จำกัดในการระบุว่าจุลินทรีย์ในลำไส้ชนิดใดที่ข้ามกำแพงลำไส้และเซลล์ภูมิคุ้มกันที่กระตุ้นภายนอกทางเดินอาหารของเหลวที่พบในเลือดซึ่งมีแอนติบอดีทั้งหมดของแต่ละบุคคล เพื่อหาปริมาณการตอบสนองทางภูมิคุ้มกันต่อจุลินทรีย์ในลำไส้ การใช้ซีรั่มของมนุษย์ช่วยให้นักวิจัยเข้าใจการตอบสนองของภูมิคุ้มกันของร่างกายต่อจุลินทรีย์ในลำไส้ทั้งหมด ซึ่งช่วยให้นักวิจัยเข้าใจได้ดีขึ้นว่าจุลชีพจำเพาะกระตุ้นการกระตุ้นภูมิคุ้มกันในโรคเหล่านี้หรือไม่